Метаболіти — це проміжні або кінцеві продукти обміну речовин (метаболізму) в живих організмах.
В агрономії розрізняють:
- Первинні метаболіти: Життєво необхідні речовини (білки, жири, вуглеводи, вітаміни), які забезпечують ріст і розвиток рослини.
- Вторинні метаболіти: Речовини, що виконують захисні або сигнальні функції (алкалоїди, фітонциди, ефірні олії). Саме вони визначають стійкість рослин до хвороб та шкідників, а також лікарські властивості.
- Метаболіти пестицидів: Речовини, на які розпадається пестицид у рослині чи ґрунті. Іноді метаболіт буває токсичнішим за саму діючу речовину.